前,学院建有微电子发展战略研究室、大数据技术研究室、智能计算与感知技术研究室,以及创新中心等科研机构。此外,学院与国内外著名大学、知名企业合作建设了一批联合实验室和联合创新中心。

微电子发展战略研究室

为适应国家经济发展形势,促使我国从集成电路消费大国成为产业强国,深入研究集成电路产业与微电子科学技术发展战略与措施,在王阳元院士的主持下,依托北京大学微电子学研究院和北京大学软件与微电子学院的优势资源,于2005年4月成立了北京大学微电子发展战略研究室。
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大数据技术研究室

北京大学大数据技术研究室依托软件工程一级学科,由软件工程国家工程研究中心和软件与微电子学院合作建设。大数据技术研究室源于2004年成立的数字化技术研究室,经过10余年的发展,已经成长为北京大学软件工程一级学科建设的一支重要力量。研究室现有教授6名,副教授6名,讲师4名,在校博士生15名,硕士生 30 余名,设有大数据系统与分析、大数据安全、情境感知服务三个课题组。研究室参加建设的科研基地包括:软件工程国家工程研究中心、网络与软件安全保障教育部重点实验室、北京大数据研究院、上海2025大数据研究中心、北京大学IBM大数据分析技术研究中心等。 
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工程技术研究中心

工程技术研究中心在现代服务研究中心、嵌入式系统研究中心、数字化技术研究室、信息系统研究室基础之上组建成立。研究中心的主题为情境感知服务,包括情境感知、感知服务、知识管理三大方向,涉及:软件工程、服务计算与智能、工作流、云计算、SOA、情境感知、物联网、多媒体与人机交互、数据挖掘、知识发现等研究领域。
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